Dr Albert Wily era um cientista estrangeiro que trabalhava no SciLab ao lado de seu amigo e de certo modo rival, Dr Tadashi Hikari. Wily era especializado em hardware com foco em robótica, enquanto Hikari era especialista em redes. O maior projeto em conjunto dos dois, o SoulNet, permitiria a integração total entre usuário e rede, mas ambos os cientistas julgaram o projeto perigoso demais, instável e imprevisível então resolveram cancelar.
Ambos continuaram com seus projetos até que o governo decidiu que não haveria verba para ambos, então decidiram cancelar todas as pesquisas em andamento do Wily e financiar apenas os projetos de rede do Dr Hikari, chamado projeto Alpha, e o primeiro projeto de Navi, que era liderado pelo Dr Cossak e acabou dando origem ao Bass (com resultados catastróficos).
Amargurado, Wily cortou as relações com o governo e foi embora do Japão com seu filho, Regal. Durante anos, Wily trabalhou em vários projetos para vários países e instituições privadas para arrecadar fundos, até que eventualmente conheceu um militar que recuperou a fé dele em pessoas com honra e dignas. Quando este militar precisou ir para uma zona de guerra, pediu para Wily cuidar de seu filho, Baryl.
Como Baryl sentia muita falta do pai, Wily criou um netnavi baseado na visão q ele tinha do pai do garoto, um militar forte, nobre e de boa índole, e o chamou de “Colonel”. Baryl e Colonel eram inseparáveis e tudo ia bem até que Wily recebeu a noticia que seu amigo falecera em combate. Wily então pegou o Colonel e removeu a programação ‘boa’ dele mas não teve coragem de simplesmente deletar o código, então fez um novo navi que chamou de “Iris”.
O tempo passou, eventualmente Baryl saiu e foi para o exercito e Regal se tornou um cientista especializado em redes e seguiu seu próprio caminho. Então Wily voltou para o Japão para começar a realizar sua vingança fundando a WWW (World Three). Em seu primeiro grande plano, ele causou muitos problemas com sua organização terrorista para servir de distração enquanto ele roubava os quatro programas necessários para criar o monstruoso Life Virus com o propósito de hackear os sistemas militares e destruir a internet, causando um colapso mundial. Porém ele não esperava ser detido pelo neto de Tadashi Hikari, Lan Hikari, e seu navi. A destruição do Life Virus fez o foguete que ele se encontrava explodir, destruir a base e aparentemente matar Wily.
Algum tempo depois, Wily começou a manipular um jovem chamado Sean Obihiro e juntos tentaram criar uma cópia do Bass.EXE, o navi supremo, mas acabaram criando Gospel, o feroz vírus-fera. Wily também forneceu os meios e os recursos para Sean comandar a NetMafia Gospel, apenas para Lan e MegaMan interferirem novamente e capturarem seu agente laranja.
Em Battle Network 3, Wily cansa de se esconder e recria a WWW com o objetivo de re-ativar Alpha, o protótipo de internet que o Dr Tadashi Hikari havia criado mas deu errado, causando um glitch que quase transformou a tecnologia em um monte de pilha de metal inutil. Isto acaba atraindo Bass que resolve absorver Alpha para si e destruir todos os humanos, mas não funciona tão bem: tanto Bass quanto Wily são quase absorvidos por Alpha, mas o cientista é resgatado pelas autoridades.
No Battle Network 4, Regal começa a por em ação seus planos com os Dark Chips mas é impedido por Lan. As ações de Regal acabam atraindo Duo, um satélite inteligente que existe para exterminar de vez formas de vidas nocivas para si mesmos e que podem acabar sendo problemáticas para o universo. Wily não aparece, possivelmente se recuperando do episodio com Alpha, fugindo da custódia e, é claro, maquinando de novo.
Em Battle Network 5, se o jogador usa o time Protoman não há nada de ‘interessante’, mas no time Colonel as coisas ficam interessantes. Wily descobre que Regal está planejando usar o Soul Net para infectar todos os humanos e navis com os dark chips. A primeira coisa que Regal faz é sequestrar o Dr Yuichiro Hikari, pai do Lan, para descobrir onde está o “Hikari Report” (a parte do Soul Net que ficou com o Tadashi). Wily então contata Baryl, que vai para o Japão. Uma vez em Den Town, Baryl monta um time para deter Regal e recruta Lan.
Durante Battle Network 5 Wily ajuda o grupo de Lan com informações e rastreando Regal, até chegarem na fábrica de Dark Chips onde o cientista está preparando para finalizar o Soul Net. Como é de se esperar, Lan, MegaMan e os outros impedem os planos de Regal e enquanto o grupo está distraído, Baryl e Wily usam uma modificação do Soul Net para apagar da memória de Regal alguns dos últimos anos. Wily comenta que ele não havia sido um bom pai, mas ainda havia tempo de se redimir e dar uma segunda chance ao filho. Ele também diz que apesar de tudo que ele fez, jamais usaria o Soul Net desta forma e desaparece junto com o Baryl. Ao ser resgatado, Regal é aceito no SciLab e começa a trabalhar com o Dr Hikari.
No jogo seguinte, Wily resolve recriar a WWW pela terceira vez e capturar os lendários Cyber Beasts. Ele criou o navi CircusMan.EXE para absorver a energia de navis comuns e usar isto para re-acordar as feras. Porém, graças a interferência de Lan e MegaMan, só conseguiu capturar uma delas (que é oposta a versão que o jogador tiver).
O cientista havia criado uma espécie de “robô” chamado CopyBot. A ideia básica de um CopyBot é que qualquer navi pode ser enviado para ele (um ‘upload’) e servir como um corpo físico, assumindo inclusive a aparência física deste navi. Manipulando um politico, Wily consegue financiamento para sua base, um exercito de copybots e dois copybots gigantescos (um para cada Cyber Beast) além de usar as habilidades de Iris de controlar maquinas para causar problemas no mundo real. Mas sem o cientista saber, Iris também pega copybots emprestados para ajudar Lan a deter a WWW (e se apaixona por ele também, por sinal).
Baryl, Lan, Colonel, Iris e MegaMan se unem para deter Wily e enfrentar os Cyber Beasts e Lan enxerga a verdade sobre o Wily, o como aquele homem foi injustiçado e é triste. Não só isto, Lan ainda joga na cara do próprio Wily que o fato de que ele não deletou Iris anos atrás é prova que ainda havia algo de bom dentro dele mas que precisava de ajuda. Wily acaba se rendendo e com Dr Hikari e Lan intercedendo por ele, Wily tem a pena reduzida e ao sair da prisão é empregado pelo Sci Lab de novo, onde ele desenvolve dois programas: Colonel, o programa para localização e extermínio de vírus; e Iris, o programa para detectar falhas e restaurar a rede. Com isto a internet dá um avanço como jamais previsto antes, revolucionando o modo de vida e assim Wily trabalha o resto de seus dias.
Durante o incidente com os Cyber Beasts, Colonel.EXE e Iris.EXE são deletados, e Baryl é dado como morto. Mas não apenas ele sobrevive como envia a Lan o copybot que Iris usava como presente para que MegaMan use. Lan cresce e também vira cientista, dando continuidade ao trabalho de seu avô e de seu pai, e foi ele que propôs a teoria que acabou evoluindo para o Brotherband (importante na série MegaMan Star Force). Ele casa-se com Mayl (obviamente) e tem um filho chamado Patch (Light (Raito) Hikari no Japão).
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